Dos dominios de una cuenta muestran el mismo contenido, aunque deberían tener webs distintas. ¿Qué revisar antes de mover o borrar archivos?

Empieza en Domains y consulta Document Root para cada nombre. La raíz documental indica qué carpeta utiliza el dominio; dos nombres que comparten esa ruta pueden mostrar los mismos archivos. Comprueba también si alguno es un alias o tiene una redirección configurada.

Registra las rutas actuales y haz una copia de la web afectada. No muevas el contenido de public_html suponiendo que pertenece a un único dominio: puede ser la raíz de otro sitio de la cuenta. Si existe una configuración del CMS con rutas absolutas, también necesitará revisión.

Cuando la interfaz permita cambiar la raíz del dominio adicional, utiliza una carpeta preparada y revisa las indicaciones de Manage the Domain. cPanel aclara que cambiar esa ruta no mueve los archivos existentes. Confirma las limitaciones del dominio principal y las funciones habilitadas en tu cuenta.

Prueba con un archivo de comprobación inocuo y de nombre único, que después puedas retirar. Verifica el dominio, su variante www y el contenido esperado. Si una capa externa devuelve la misma página, revisa su respuesta antes de duplicar archivos otra vez.

La separación de carpetas organiza la publicación, pero conviene comprobar también bases, configuración y destinos de formularios. Para pedir ayuda, comparte los nombres y rutas depurados. Evita eliminar el dominio o su directorio hasta identificar todos los sitios que utilizan esos datos.

Fuentes: cPanel — Domains · cPanel — Manage the Domain.